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El convento de Madre de Dios fue fundado en 1515 y desde entonces ha venido siendo habitado por diferentes comunidades de la orden femenina de la familia dominica. La imagen es obra atribuida a Jorge Fernández Alemán y a pesar de ser la titular del Convento recibe culto en un altar lateral.
Anualmente la Virgen de la Encarnación procesionaba en unión de otros santos dominicos en la conocida como festividad de la Minerva, procesión eucarística concedida a la Archicofradía sacramental establecida en la Iglesia de santa María supra Minerva regida por los dominicos,y que anualmente celebraba este convento el tercer domingo de Pascua.